ある夜、警察庁内に何者かが侵入し機密データを閲覧していた。
これを察知した安室透や風見裕也ら公安警察は侵入した女と対峙するも、警察庁内から逃げられてしまう。
車で逃走する女を追う安室、そしてFBIの赤井秀一を加えた三者によるカーチェイスが繰り広げられる。
女は逃げながらも「ノックはスタウト、アクアビット、リースリング。あなたが気にしていたキール、バーボン」とのメールを誰かに送信していた。
赤井は女の進路を先読みして車のタイヤを撃ち抜き、橋から落下させて爆発に至るが、捕縛するには至らなかった。
一方、カーチェイスから命からがら逃げのびた女は、東都水族館の多色ライトを目撃すると同時に頭をおさえて苦しみだし、気を失う。
翌朝、謎の爆発事件がニュースで報道される中、コナンと少年探偵団一行はリニューアルオープンの日を向かえた東都水族館を訪れていた。
コナンたちはそこで、記憶を失ったオッドアイの女に遭遇する。
東京の四ツ谷に暮らす男子高校生の立花瀧は、ある朝、目を覚ますと飛騨の山奥にある糸守町の女子高生宮水三葉になっていた。
そして、三葉は瀧の身体に。2人とも「奇妙な夢」だと思いながら、知らない誰かの一日を過ごす。
翌朝、無事に元の身体に戻った2人は入れ替わったことをほとんど忘れていたが、周囲の人達の反応や、その後もたびたび「入れ替わり」が起きたことによって、ただの夢ではなく実在の誰かと入れ替わっていることに気づく。
2人はスマートフォンのメモを通してやりとりをし、入れ替わっている間のルールを決め、元の身体に戻ったあと困らないよう日記を残すことにした。
地表が放射能で汚染され、病気が蔓延し、人類が地下に住むようになった世紀末後の未来の都市が舞台。
あるカルト教団の施設「聖NOVA'S CHURCH」を襲撃、制圧した武装警官隊。
その中の警官2人は、教団施設の奥で翼の生えた少女を発見する。
2人は彼女を救助するも、研究資料として今度は政府機関の施設に連れ去られてしまった。2人は彼女を空へ帰そうと奮闘を始める
西暦2191年、地球人類は歴史上初めての地球外知的生命体である「ガミラス人」と遭遇し、まもなく両者の間に星間戦争が勃発する。
圧倒的な軍事力を持つガミラスに防衛艦隊は壊滅寸前へ陥り、地球は冥王星基地からの遊星爆弾を用いた爆撃により、海が蒸発して大気も汚染され、人類は地下都市へ追いやられる。
地表の汚染は地下都市にも達し始めており、そこで辛うじて生きる人々はエネルギー不足・飢餓・暴動などに苦しめられていた。
人類絶滅まで約1年となった2199年1月、沖田十三率いる国連宇宙軍第一艦隊の戦闘中、地球が「アマテラス」という暗号名で呼ぶ1隻の宇宙船が太陽系へ突入し、火星に墜落する。古代進と島大介は墜落した宇宙船からカプセルを回収し、地球に帰還する。
その後、古代らを含む選抜メンバーが招集されると、カプセルの中身が異星人の惑星「イスカンダル」の使者によってもたらされた「波動コア」であると明かされ、これによって地球は恒星間航行可能な宇宙戦艦「ヤマト」を完成させたと説明される。
そして、イスカンダルに存在する汚染浄化システムを受け取りに行くことを目的とした「ヤマト計画」が発表された
。
こうして、選抜メンバーは人類絶滅まで1年という残り時間の中で16万8千光年彼方の大マゼラン銀河のイスカンダルへ、往復33万6千光年の旅に臨むことになる。
原作から登場人物と舞台を借りてはいるが、ほぼオリジナル・ストーリーとなっている。
登場人物はすべて擬人化した犬に置き換わっており、ストーリーは子供にわかりやすく、毎回モリアーティ教授と2人の部下が悪事を企み、ホームズがそれを阻止するというもの。
推理小説色は薄いが、その代わりに、教授の奇妙な発明品や、警官隊と教授一味の追いかけっこなど、全体的に明るく楽しい雰囲気で作られている。ほとんどが盗難事件で、殺人事件はひとつもない。
原作とは異なり、本作では犯人はモリアーティ教授、警察側の捜査担当はレストレード警部に固定されており(少数の例外を除く)、登場人物の役割が単純化されている。
天族の杜イズチの住人に拾われ、慈しまれて育った人間の少年スレイ。
彼の楽しみは社の近くの古代遺跡を探検すること。ある日、遺跡探検中に幼馴染みのミクリオを助けようとして、崩落に巻き込まれてしまった。
そこで偶然発見した人間の少女アリーシャを追って、スレイはミクリオと共に外の世界に出る。スレイは初めての下界で「湖の乙女」と呼ばれる「浄化」の力を持つ天族の女性ライラと出会い、天族と人間が幸せに暮らすという夢のために「導師」となることを決意し、はじめての下界でスレイの運命が大きく動いていく。