ある夜、警察庁内に何者かが侵入し機密データを閲覧していた。
これを察知した安室透や風見裕也ら公安警察は侵入した女と対峙するも、警察庁内から逃げられてしまう。
車で逃走する女を追う安室、そしてFBIの赤井秀一を加えた三者によるカーチェイスが繰り広げられる。
女は逃げながらも「ノックはスタウト、アクアビット、リースリング。あなたが気にしていたキール、バーボン」とのメールを誰かに送信していた。
赤井は女の進路を先読みして車のタイヤを撃ち抜き、橋から落下させて爆発に至るが、捕縛するには至らなかった。
一方、カーチェイスから命からがら逃げのびた女は、東都水族館の多色ライトを目撃すると同時に頭をおさえて苦しみだし、気を失う。
翌朝、謎の爆発事件がニュースで報道される中、コナンと少年探偵団一行はリニューアルオープンの日を向かえた東都水族館を訪れていた。
コナンたちはそこで、記憶を失ったオッドアイの女に遭遇する。