東京・大阪・京都で、5人の男が刀や弓矢で殺される事件が発生した。
犯人は翁の能面をかぶっており、義経記を持ち去っていることが判明していた。
警視庁・大阪府警・京都府警の合同捜査本部による捜査の結果、殺された5人が古美術品を狙う窃盗団「源氏蛍」のメンバーであることが明らかになった。

同じ頃、小五郎は山能寺の僧侶から依頼を受け、コナンたちを連れて京都に来ていた。
山能寺では8年前、12年に一度公開する秘仏が何者かに盗まれていた。
そして最近、その仏像のありかを示すという謎の絵が、差出人不明で山能寺に届いたので、小五郎に解読を依頼したのだった。